Di seguito tutte le operazioni effettuate dalla società azzurra per quanto riguarda il settore giovanile.
Sono arrivati in azzurro:
Andrea Adamoli (2000, definitivo dalla Juventus)
Kevin Cannavò (2000)
Davide Merola (2000, definitivo dall’Inter)
Antonino Fradella (2001)
Marco Lipari (2002, temporaneo dalla Juventus)
Tommaso De Pellegrin (2003, temporaneo dall’Arezzo)
Manuel Rando (2003, temporaneo dal Camaro)
Mattia Andreini Pucci (2005, definitivo dalla Fiorentina)
Tommaso Bocci (2005, definitivo dal Tolentino)
Phanith Galavotti (2005, definitivo dal Senigallia)
Ivan Matteucci (2005, temporaneo dalla Pistoiese)
Tommaso Pertici (2005, temporaneo dalla Pistoiese)
Giovanni Seghi (2005, definitivo dalla Robur Siena)
Tomas Tampucci (2005, definitivo dal Livorno).
Hanno invece lasciato l’Empoli:
Marco Olivieri, (1999, definitivo alla Juventus)
Galip Arapi (2001, definitivo al Pisa)
Davide Donati (2001, temporaneo al Ghivizzano Borgo a Mozzano)
Lorenzo Milani (2001, temporaneo al Grosseto)
Ruggero Segantini (2001, temporaneo al Tuttocuoio)
Alessandro Seriani (2001, temporaneo al Pisa)
Alex Sposito (2001, temporaneo al Taranto)
Andrea Cesaretti (2002, definitivo al Livorno)
Gianlorenzo Lupi (2002, temporaneo al Ghivizzano Borgo a Mozzano)
Pietro Lenzi (2002, temporaneo al Ponsacco)
Alessandro Fontanrosa (2003, definitivo all’Inter)
Samuele Gonfiantini (2003, temporaneo allo Zenith Audax)
Flippo Ricci (2003, temporaneo al Tau Calcio)
Lorenzo Fiorito (2004, definitivo al Livorno)
Tommaso Maressa (2004, definitivo alla Juventus),
Francesco Re (2004, temporaneo allo Sporting Arno)
Mattia Boldrini (2005, definitivo alla Roma)
Diego Campera (2005, definitivo alla Roma)
Manuel Cesari (2005, definitivo al Bologna)