Nel mese di agosto del 1920 nascono il Foot Ball Club Empoli e la sezione calcistica Unione Sportiva Empolese, le quali, dopo la disputa del torneo di San Miniato, si fondono dando luogo ad un'unica entità calcistica cittadina. La neonata società, dopo aver ottenuto nel mese di settembre l'affiliazione alla FIGC ratificata dal Comitato Regionale Toscano, si iscrive al campionato di Terza Categoria, dove ottiene la seconda posizione del girone A.
Nel campionato 1926-1927, l'Empoli vince il girone A della divisione Toscana e viene ammesso alle finali interregionali; nonostante il semplice quarto posto ottenuto nel girone G, i toscani vengono ammessi nella divisione Nord, con l’Empoli che vince la Seconda Divisione, laureandosi campione di Toscana e conquistando la promozione nella divisione Nord della Prima Divisione.
L’Empoli riparte dalla Prima Divisione (nella stagione precedente si era ritirata dal campionato 1935-1936 a causa del richiamo alle armi di molti calciatori) con la denominazione di Dopolavoro Empolese e vince il girone A toscano ottenendo nuovamente l'ammissione in Serie C; nel mese di agosto 1938, il sodalizio assume la denominazione di Dopolavoro Interaziendale Italo Gambacciani Sezione Calcio.
Dopo il conflitto mondiale la società assume prima la denominazione di Gruppo Sportivo Azelio Landi per poi cambiarla nuovamente in Empoli Football Club. In questa stagione l’Empoli partecipa per la prima volta alla Serie B, dove rimane per tre stagioni.
Dopo anni difficili, l’Empoli torna definitivamente in terza serie, in quella che diventerà poi la Serie C. Il 9 giugno gli azzurri battono il Tempio per 2-1 nello spareggio disputato a Genova e conquistano la promozione. La permanenza nel terzo livello del campionato italiano, dal 1978-1979 chiamato Serie C1, durerà per 20 anni.
Il 12 settembre, dopo due anni di lavori, viene inaugurato l’attuale stadio Carlo Castellani. L’impianto sostituisce il precedente campo sportivo dove giocavano gli azzurri, situato in Via Masini. Lo stadio viene dedicato, così come il precedente, a Carlo Castellani, giocatore nato nella vicina Montelupo Fiorentino, morto prematuramente dopo essere stato deportato nel campo di concentramento di Mauthausen
Nella stagione 1982-1983 la squadra viene affidata a Giampiero Vitali. Il 5 giugno 1983, con la vittoria sulla già retrocessa Paganese per 4-1, gli azzurri raggiungono l’obiettivo della promozione vincendo il girone B della Serie C1, chiudendo a quota 46 punti, con sole 14 reti al passivo. L'Empoli riesce così ad ottenere la serie B dopo 33 stagioni dall'ultima presenza.
Dopo quattro stagioni in serie cadetta, l’Empoli conquista la promozione in A: gli azzurri, guidati da Gaetano Salvemini, chiudono il campionato di Serie B 1985-1986 al quarto posto; tuttavia, grazie alla penalizzazione assegnata al Vicenza in seguito al verdetto della CAF sullo scandalo del calcioscommesse, l'Empoli sale al terzo posto e conquista la prima storica la promozione in A.
L’Empoli fa il suo esordio nella massima serie il 14 settembre, battendo 1-0 l’Inter grazie ad un gol di Marco Osio. Dopo due giornate l’Empoli è a punteggio pieno, in testa al campionato. La meritata salvezza arriva solo all’ultima giornata, grazie al successo sul campo del Como per 1-0, che permette il sorpasso su Brescia ed Atalanta, sconfitte rispettivamente da Juventus e Fiorentina.
Dopo la prima annata in A, l’Empoli retrocede per due volte, tornando in Serie C dopo lo spareggio (giugno 1989) perso con il Brescia ai calci di rigore. Nel maggio del 1991 Fabrizio Corsi diventa il presidente della società. E comincia la scalata…
L’Empoli riparte da Luciano Spalletti come allenatore (il tecnico aveva guidato gli azzurri nel finale della stagione 1993/94, ottenendo la salvezza ai playout) e conquista subito la promozione in B, vincendo i play-off con il Como; nello stesso anno gli azzurri conquistano anche la Coppa Italia Serie C, superando il Monza con un duplice successo per 1-0 in finale.
A Lignano Sabbiadoro nel giugno del 1999 l’Empoli di Gelain vince lo scudetto Primavera. Chiusa la stagione regolare al secondo posto, gli azzurri superarono prima i playoff e nella fase finale si sbarazzarono prima del Bari (1-0 con gol di Marchionni) e in semifinale del Napoli per 1-0 (gol di D’Aniello con Mazzi decisivo a parare un calcio di rigore). In finale la sfida con l'Atalanta, una gara equilibrata sbloccata da D’Aniello al minuto 40. Fu il gol partita, il gol che valse il primo, e fin qui unico, scudetto Primavera per la società azzurra.
Un successo prestigioso a livello giovanile, con la Primavera azzurra che nel marzo del 2000 portò a casa il Torneo di Viareggio. Gli azzurri superarono la fase a gironi come una delle migliori seconde (vittorie azzurre 3-2 sul Santa Catarina e 3-0 sulla Pistoiese, k.o. 0-2 con il Bari) e agli ottavi ecco la prima impresa, con Capuano e Porro a firmare il 2-0 azzurro sulla Juventus. Superati agevolmente ai quarti i brasiliani del Corinthians, 3-0, in semifinale altra vittima illustre, con la formazione di Cecconi che battè l'Inter. Lunedì 6 marzo allo Stadio dei Pini l'Empoli affronta la Fiorentina nella finalissima: azzurri subito in vantaggio con un rigore di Porro, Tavano firma il pari viola prima che il croato Tancik mise a segno il gol che valse la Coppa.
Il campionato di serie B 1996-1997 è un’altra cavalcata per gli azzurri di Spalletti. Gli azzurri partono forte e aumentano ancora più il ritmo nel girone di ritorno chiudendo al secondo posto. La promozione arriva il 15 giugno con la vittoria all'ultima giornata per 1-0 in casa della già retrocessa Cremonese. Per l'Empoli è di nuovo Serie A.
L’Empoli torna in B all’inizio degli anni Duemila, ma, dopo tre campionati in serie cadetta, nel campionato 2001-2002 il club azzurro conquista una nuova promozione in Serie A, la terza nella sua storia. La squadra, guidata da Silvio Baldini, chiuse al quarto posto in classifica dietro a Como, Modena e Reggina.
L’Empoli di Mario Somma riconquista subito la Serie A dopo la retrocessione del 2004. La certezza matematica arriva all’ultima giornata: domenica 5 giugno grazie al pareggio per 1-1 contro l’Arezzo, gli azzurri conquistano il punto utile per centrare la promozione diretta in Serie A e mettere dietro, grazie alla classifica avulsa, Torino e Perugia. Gli azzurri finirono, sul campo, al secondo posto ma, complice il declassamento all'ultimo posto del Genoa, chiusero in vetta il torneo.
Nel novembre del 2006 nasce il Centro Sportivo di Monteboro, la casa dell’Empoli. Il Centro, ampliato e riammodernato nel corso del tempo, ospita campi ad 11 (sia in erba sintetica che naturale), a 7, spogliatoi, palestra, bar; inoltre la sede ufficiale dell’Empoli FC e il convitto dedicato ai ragazzi del settore giovanile.
Nel campionato di Serie A 2006-2007 l'Empoli chiude al settimo posto, realizzando 54 punti (record assoluto) conquistando per la prima volta nella sua storia il diritto a partecipare alla Coppa UEFA. Sempre in quella stagione, l'Empoli raggiunse i quarti di finale della Coppa Italia (altro traguardo storico per la società), venendo eliminata dall’Inter.
Giovedì 20 settembre 2007, questa la storica data dell’esordio dell’Empoli in Europa. Nel primo turno di Coppa Uefa l’Empoli ospita lo Zurigo, con la squadra di Cagni che vinse 2-1 la gara di andata con reti di Piccolo e Antonini. Al ritorno allo stadio Letzigrund di Zurgio sono oltre 1000 i tifosi azzurri a seguito della squadra, ma sul campo sono gli svizzeri a vincere per 3-0 ed eliminare l’Empoli dalla competizione.
Venerdì 8 giugno 2012, un’altra data nella mente di tutti i tifosi azzurri. Dopo un’annata a dir poco difficile, con quattro cambi di allenatore e una classifica mai felice, l’Empoli è atteso dai playout con il Vicenza. All’andata al Menti finisce 0-0, al ritorno agli azzurri basta il pareggio per ottenere la salvezza. Dopo più di un’ora di gioco, il Vicenza è avanti 2-0 con l’incubo retrocessione davvero ad un passo; Mchedlidze e Tavano riportano la gara in parità ma ci vuole Dossena a pochi minuti dalla fine a parare il rigore di Paolucci e consegnare la salvezza all’Empoli, con il gol di Maccarone in pieno recuperare a certificare il 3-2 e far esplodere il Castellani
Uno scudo azzurro, con in alto la scritta Empoli F.C. in bianco e sotto una riproduzione stilizzata della Collegiata di Empoli sempre color bianco: questo lo stemma che ha accompagnato gli azzurri dal dopoguerra fino agli anni duemila, quando la società decide per un restyling. Resta lo scudo azzurro, al centro le lettere E, F e C in bianco, in alto la scritta in bianco Empoli F.C. ed in basso a destra 1920, l'anno di fondazione.
È l’Empoli di Sarri. L’Empoli che nel campionato 2012/13, perse la finale playoff con il Livorno sfiorando solo la promozione. Promozione che arriva il 30 maggio 2014: ancora ultima giornata, ancora al Castellani, con gli azzurri che battono 2-0 il Pescara (Eramo e Tavano i marcatori) e conquistano il secondo posto, conquistando una nuova meritata promozione in A.
Un hotel dedicato alla prima squadra per i ritiri estivi e per quelli pre gara: nell’estate del 2016 al Centro Sportivo di Monteboro viene inaugurata Casa Azzurri. Un luogo fisico, ma anche una specie di punto di arrivo ideale e concreto per chi, per la prima volta, mette piede a Monteboro e indossa la casacca dell’Empoli.
Dopo tre anni di Serie A l’Empoli riparte dalla Serie B. E lo fa cambiando praticamente tutto. Una prima parte di stagione buona, una seconda, dall’arrivo del nuovo tecnico Andreazzoli, super con la squadra che macina gioco e risultati mettendosi dietro tutte le concorrenti. Sabato 28 aprile, con ancora 5 giornate da giocare, Empoli-Novara si chiude 1-1, con gli azzurri che conquistando il punto necessario per festeggiare la promozione, il primato in classifica e far tornare a gioire tutti i tifosi azzurri
Nell'estate del 2020 l'Empoli festeggia il suo primo secolo di vita. Cento anni di Empoli, un secolo azzurro di passione, emozione, sentimento. Un secolo fatto di storie, personaggi e tanti momenti da ricordare. Per celebrare al meglio la ricorrenza la società azzurra (caduta, purtroppo, in un momento storico non semplice a causa del Covid) la società azzurra ideò una maglia speciale, color vinaccia che rievoca le prime casacche indossate dall’Empoli e venne indossata dalla squadra. Oltre a questo la società azzurra ha ideato un nuovo logo, un libro che racconta i 100 anni dell’Empoli e un album di figurine in Realtà Aumentata dedicato alla storia azzurra
Empoli campione d'Italia Under 16 dopo una cavalcata incredibile. Il 15 giugno a Ravenna gli azzurri di Buscè superano l'Inter finale e conquistano il tricolore di categoria. Gli azzurri dopo aver chiuso al quarto posto il girone della stagione regolare, ai playoff superarono Frosinone, Sampdoria e Roma. Nella final four gli azzurri eliminano prima il Benevento (4-1 con le reti di Cassai, Degli Innocenti, Baldanzi e Fontanarosa) e in finale stesero l'Inter 4-3 (Baldanzi, doppietta di Cassai e gol partita di Maressa) riportando a Empoli lo Scudetto Under 16.
L'Empoli torna in Serie A, il 4 maggio 2021 gli azzurri di mister Dionisi si guadagnano la promozione con due giornate d'anticipo, dopo una cavalcata che l'ha vista nelle posizioni di vertice fin dall'inizio del campionato e capolista solitaria dalla diciassettesima giornata in poi. Decisiva la vittoria per 4-0 contro il Cosenza (Mancuso, doppietta di La Mantia e Bajrami) che vale oltre che la matematica promozione nella massima serie anche la vittoria del campionato cadetto. Stagione dominata mostrando una continuità di gioco e di rendimento impressionati, con appena due sconfitte in 36 giornate.
Mercoledì 30 giugno 2021 la Primavera azzurra conquista il tricolore. Un’altra data indimenticabile, con la formazione guidata da mister Buscè che batte in finale l’Atalanta per 5-3. Una stagione regolare chiusa al sesto posto dopo mille difficoltà, i successi nei quarti contro la Juventus e in semifinali contro l’Inter (3-2 al 120’) prima dell’atto finale contro gli orobici. Apre Asllani, pareggia l’Atalanta poi Baldanzi e la doppietta di Ekong prima che nel recupero, ancora Baldanzi, fissi il punteggio sul definitivo 5-3 e consegni lo scudetto agli azzurrini, permettendo all’Empoli di tornare sul tetto della massima categoria giovanile e di conquistare il primo storico accesso alla Youth League.