Di seguito tutte le operazioni effettuate dalla società azzurra per quanto riguarda il settore giovanile.
Sono arrivati in azzurro: BALDE EDUARDO BUBACAR (1999) – a titolo definitivo dalla Sampdoria
SAID ADAN MOHAMED (2000) – a titolo definitivo dall’Orgryte
SAKHO LAMINE MOUHAMADOU (2000) – a titolo definitivo dalla Spes Accademy Senegal
SARO GIANLUCA (2000) – a titolo temporaneo dalla Juventus
EKONG EMMANUELLE (2002) – a titolo definitivo dall’IF Brommapojkarna
HVALIC KLEMEN (2002) – a titolo definitivo dal Nova Gorica
SIMONE SERAFINO (2002) – a titolo definitivo dalla Sampdoria
BIANCHI EDOARDO (2003) – a titolo definitivo dal Pontedera
FIUMALBI VITTORIO (2003) – a titolo temporaneo dal Navacchio Zambra
FONTANAROSA ALESSANDRO (2003) – a titolo definitivo dalla Sampdoria
GAFFI GIOVANNI (2003) – a titolo temporaneo dal Navacchio Zambra
INGUSCIO ALESSANDRO (2003) – a titolo temporaneo dalla Scuola Calcio Miccoli
LANDI MATTIA (2003) – a titolo temporaneo dall’Olimpia Firenze
ROCCHETTI LORENZO (2003) – a titolo definitivo dalla Robur Siena
SOTTILI ALESSANDRO (2003) – a titolo definitivo dal Prato
BOSFA DOMENICO (2004) – a titolo definitivo dalla Scuola Calcio Fratelli Lodi
FALSINI FILIPPO (2004) – a titolo definitivo dal Casentino Soci
FINI RICCARDO (2004) – a titolo definitivo dal Casentino Soci
MANFREDINI JACOPO (2004) – a titolo definitivo dal Margine Coperta
MARESSA TOMMASO (2004) – a titolo definitivo dalla Reggina
STEFANI JACOPO (2004) – a titolo definitivo dalla Sestese
Sono inoltre arrivati i 2004 Gian Marco Fantoni, Gabriele Guarino, Enrico Maute, Natale Schimmenti
Hanno invece lasciato l’Empoli:
ARAPI GALIP (2001) – a titolo temporaneo alla Lazio
CAPPELLINI NICCOLÒ (2001) – a titolo definitivo alla Pistoiese
CARADONNA MATTEO (2001) – a titolo temporaneo (con diritto di opzione e contro opzione) al Pisa
DONATI DAVIDE (2001) – a titolo temporaneo (con diritto di opzione e contro opzione) al Pisa
LIPARI MIRCO (2002) – a titolo temporaneo alla Juventus
MARCONCINI ALESSANDRO (2000) – a titolo temporaneo al San Gimignano
MASETTI LORENZO (2001) – a titolo temporaneo (con diritto di opzione e contro opzione) al Pisa
MOUHO KLAYDI (2001) – a titolo temporaneo alla Pistoiese
NOBILE FILIPPO (2004) – a titolo temporaneo alla Juventus
NOCCIOLI FRANCESCO (2000) – a titolo temporaneo al Viareggio
OLIVIERI MARCO (1999) – a titolo temporaneo (con diritto di opzione) alla Juventus
PASTACALDI LUCA (2001) – a titolo temporaneo alla Pistoiese
SEGANTINI RUGGERO (2001) – a titolo temporaneo al Tuttocuoio
SPOSITO ALEX (2001) – a titolo temporaneo al Campobasso
ZACCAGNINI FRANCESCO (2000) – a titolo temporaneo al Viareggio
Settore Giovanile