Di seguito tutte le operazioni effettuate dalla società azzurra per quanto riguarda il settore giovanile Sono arrivati in azzurro: Marco Curto (1999) a titolo definitivo Lorenzo Jorio (2000) a titolo definitivo Alessio Gianneschi (2000) a titolo temporaneo con diritto di opzione dalla Robur Siena Diogo Rafael Dos Santos Almeida (2000) a titolo temporaneo con diritto di opzione dall'SC de Espinho Gianmarco Scapin (1999) a titolo definitivo dalla Juventus Niccolò Vivoli (2001) a titolo definitivo dall'Affrico Calcio Francesco Folino (2002) a titolo temporaneo con diritto di opzione dalla Reggiana Lorenzo Capicchioni (2002) a titolo definitivo dalla Fed. Sanmarinese Borna Bilobrk(2001) a titolo definitivo dall'NK Orijent 1919 Rijeka Jacopo Fazzini (2003) a titolo definitivo dal Capezzano Pianore Filippo Ricci (2003) a titolo definitivo dal Tau Calcio Tommaso Ricci(2003) a titolo definitivo dal Tau Calcio Pietro Romanini (2003) dal Valentino Mazzola Hanno invece lasciato l'Empoli: Tommaso Aglietti (2000)a titolo definitivo all'Entella Giancarlo Aprile (1999) a titolo temporaneo all'Arconatese Sehadin Arapi (1999) a titolo temporaneo al Matelica Cristiano Bani (1999) a titolo definitivo alla Pro Vercelli Filippo Bellagamba (2000) a titolo definitivo alla Colligiana Nicola Bozzi (2000) a titolo temporaneo al Prato Federico Casanova (2000) a titolo temporaneo (con diritto di opzione e contro opzione) al Livorno Manuele Castorani (1999) a titolo temporaneo al Ponsacco Giorgio Cavalli (2000) a titolo definitivo al Pontedera Nicolò Cecchi (2000) a titolo definitivo alla Colligiana Filippo Chiti (1999) a titolo temporaneo al Tuttocuoio Tommaso Di Renzone (1999) a titolo temporaneo al San Donato Matteo Favilli (1999) a titolo temporaneo al San Donato Emanuele Fenderico (1999) a titolo temporaneo al Ligorna Alessio Forcinella (2000) a titolo temporaneo (con diritto di opzione e contro opzione) al Prato Valerio Ghelardoni (1999) a titolo definitivo al Ponsacco Davide Gisti (1999) a titolo definitivo al Montevarchi Christian Langella (2000) a titolo definitivo al Pisa Leonardo Lucchesi (1999) a titolo definitivo alla Lucchese Alessandro Marconcini (2000) a titolo temporaneo (con diritto di opzione e contro opzione) al Pisa Marco Matteoni (2000) a titolo temporaneo (con diritto di opzione e contro opzione) al Pisa Giuseppe Montaperto (2000) a titolo temporaneo alla Juventus Francesco Noccioli (2000) a titolo temporaneo al Livorno Marco Olivieri (1999) a titolo temporaneo alla Juventus Francesco Zaccagnini (2000) a titolo temporaneo (con diritto di opzione e contro opzione) al Pisa Thomas Zapparata (2000) a titolo definitivo alla Lucchese
